两大势力争夺古代文明产物「黑石」，连游戏名称都以盛产黑石的黑色沙漠」为名。 卡尔佩恩共和国阴险毒辣的祭司为印证“黑石”的传说，来到意志之塔，肆意屠杀无辜的 野蛮种族，并将其当做祭品祭奠“黑石”。印刻有古代纹样的“黑石”碎片合成一体，形成了 “黑石球”。但却缺少了最后的一个碎片“太古之石”。祭司们合力通过一个科学家的发明装 置，使不完整的“黑石球”爆裂，“黑石球”与隐藏在古马渡口的“太古之石”产生共鸣，并袭 击了古马渡口，熊熊燃烧的“黑石球”残忍的将人们吞噬。主题围绕在古代文明产物“黑石” 所引发的纠葛，玩家化身独立斗士，借助黑石的力量对抗掌握腐败权力的卡尔佩恩共和国 与瓦伦西瓦王国。

故事一开始有四个国家，分别是：卡尔佩恩共和国、巴莱诺斯、西伦蒂亚和梅迪亚 。 卡尔佩恩共和国、巴莱诺斯 和 西伦蒂亚 这三个国家临近大海，且有茂密的森林和山野， 南方气候较冷，北方较温和，东面是沙漠。卡普兰、贝利亚以及 哈伊德尔分别是以上三 个国家的首都。故事一开始有四个国家，分别是：卡尔佩恩共和国、巴莱诺斯、西伦蒂 亚和梅迪亚 。