《九阴真经》的故事背景取明朝初年，中原政权稳定，这个时期的江湖，不再仅仅是军队作战的附庸，武学得到空前崇尚，各门派林立、广召弟子，一个自由、鼎盛的江湖逐渐形成。 与江湖繁荣形成鲜明对比的是皇权的集中，帝王势力逐渐达到顶峰，东厂、锦衣卫设立，成为有别于旧江湖实力的新兴力量。明太祖朱元璋性格多疑，登基后正两兴大狱，诛杀功臣，为控制日益兴盛的江湖势力，暗自布下众多锦衣卫隐入江湖，搜集天下武学编撰《武定籍》。 随着太祖去世和朱棣夺位，《九阴真经》等武学秘籍因此流落江湖，一时间，江湖风波暗涌，各势力纷纷觊觎无上武学，一阵新的血雨腥风无可避免。 与此同时不仅是传统武学发生了演变而为之精进，还涌现出了以专克中原武学的西域武学，及逆修任督的燕门密宗等诸多势力，自此绚烂多彩的明朝武林展开序幕。